Al fine di essere efficiente ed efficace, anche la scuola "Don Innocenzo Negro" ha una sua strutturazione complessa.

Agli uffici che fanno capo al Dirigente e al Direttore amministrativo sono legati in modo armonico l'organico composto da docenti e personale amministrativo e ausiliario, gli organi collegiali di partecipazione e le funzioni di collaborazione e coordinamento e di rappresentanza.

E' parte integrante dell'organizzazione il Piano annuale delle attività ed il Calendario annuale